وقتی یک مراسم کیمیاگری اشتباه پیش می رود، ادوارد الریک یک دست و پای خود را از دست می دهد از برادرش آلفونسو، تنها روحش باقی می ماند که درون یک زره آهنی محبوس است. ادوارد که دارای اعضای بدن خودکار مکانیکی است، کیمیاگر دولتی شده و در جستجوی چیزی است که می تواند خودش و برادرش را بازگرداند. سنگ فیلسوف افسانه ای. هرمانان ما به همراه محافظ خود، الکس لوییس آرمسترانگ، به دیدن دوست صمیمی کودکی خود، وینی راکبل می روند تا اعضای بدن مکانیکی خود را تعمیر کنند. جستجوی سنگ فیلسوف آن ها را به زودی به کتابخانه بزرگ مرکزی می برد. جایی که شاید فرمول ساخت سنگ درونش مخفی شده باشد.... البته اگر موجود مرموزی به نام لاست زودتر به آن نرسد. اما شاید راز سنگ فیلسوف خیلی وحشتناک تر از موجوداتی باشد که از آن محافظت می کنند...