کلاس نابغه‌ها 4 به نظر می‌رسد حتی آخرین هفته‌ی تابستان هم قرار نیست به بچه‌های کلاس نابغه‌ها خوش بگذرد! تازه از آزمون جزیره برگشته‌اند که متوجه می‌شوند آزمونی بسیار پیچیده‌تر در انتظارشان است. آزمونی که همه‌ی سختی‌های جزیره در برابر آن هیچ‌چیز نیست. اگر می‌خواهند از این آزمون هم سربلند بیرون بیایند، باید یاد بگیرند حتی بیشتر از قبل به هم اعتماد کنند. کلاس نابغه‌ها داستان دانش‌آموزان یک کلاس از دبیرستان متروپولیتن توکیتو است. دبیرستانی که فقط بهترین دانش‌آموزان سراسر ژاپن به آنجا راه پیدا می‌کنند. دانش‌آموزان آزاد هستند که هرکاری دلشان می‌خواهد بکنند ولی به شرطی که در پایان سال رتبه کلاسشان بهتر از بقیه کلاس‌ها باشد.